Slovenská chirurgia 1e/2026

Vplyv typu vzorky a predanalytických podmienok na výsledky kultivačných vyšetrení pri infekciách kože a mäkkých tkanív

MUDr. Dávid Sokol, prof. MUDr. Marek Lacko, PhD., doc. MUDr. Róbert Čellár, PhD., MPH, MUDr. Michal Strážik, MUDr. Daniela Hajduková, MUDr. Ahmad Gharaibeh, PhD., MPH, MUDr. Peter Hrdlík

Cieľ: Cieľom práce bolo zhodnotiť vplyv typu vzorky a predanalytických podmienok spracovania biologického materiálu na výsledky kultivačných vyšetrení u pacientov s infekciami kože a mäkkých tkanív.

Materiál a metodika: Išlo o prospektívnu porovnávaciu observačnú štúdiu realizovanú v období január 2022 až marec 2024. Predložená práca predstavuje subanalýzu širšie koncipovanej prospektívnej štúdie zameranú na pacientov s infekciami kože a mäkkých tkanív. Súbor tvorilo 90 operačných výkonov u 66 pacientov, pričom základnou analytickou jednotkou bola odberová séria. Celkovo bolo analyzovaných 90 odberových sérií a 597 vzoriek spracovaných rôznymi modalitami odberu a predanalytického spracovania. Zhoda medzi modalitami bola hodnotená pomocou Gwetovho koeficientu AC1 a Brennanovho-Predigerovho koeficientu. Faktory ovplyvňujúce pravdepodobnosť pozitívneho kultivačného výsledku boli analyzované pomocou zovšeobecneného lineárneho zmiešaného modelu (GLMM).

Výsledky: Pozitívny kultivačný nález bol zistený v 58,1 % (347/597) všetkých vyšetrovaných vzoriek. Deskriptívna analýza nepreukázala štatisticky významné rozdiely medzi 11 porovnávanými modalitami (Pearsonov χ² = 14,890; p = 0,136). Priemerný počet mikróbov na vzorku, použitý ako deskriptívny index výťažnosti, bol 0,66 ± 0,63 a významné rozdiely medzi modalitami sa nepotvrdili ani pri orientačnom porovnaní Kruskalovým-Wallisovým testom (H = 15,011; p = 0,132). Z 347 pozitívnych vzoriek bolo izolovaných 396 mikrobiálnych izolátov, pričom sedem najčastejších skupín agensov tvorilo 82,1 % všetkých izolátov. Gwetov koeficient AC1 dosiahol pri binárnom hodnotení hodnotu 0,600 a pri hodnotení na úrovni mikrobiálnych profilov 0,687. V analýze celého súboru boli významnými prediktormi pozitívneho kultivačného výsledku primárna operačná revízia (OR 6,19; p = 0,003) a typ vzorky ako celok (p < 0,001), pričom výter mal oproti tkanivu vyššiu pravdepodobnosť pozitivity (OR 2,74; p < 0,001). Doba skladovania, typ skladovania a systém spracovania sa ako nezávislé faktory nepotvrdili a efekt antibiotickej liečby pred odberom bol len hraničný (OR 0,22; p = 0,054). Po obmedzení analýzy na najčastejšie a navzájom porovnateľné modality zostal významný vplyv primárnej operačnej revízie (OR 5,21; p = 0,007), antibiotickej liečby pred odberom (OR 0,17; p = 0,030) a typu vzorky (výter vs. tkanivo: OR 2,88; p < 0,001), zatiaľ čo doba skladovania ani typ skladovania významné neboli.

Záver: V analyzovanom súbore pacientov s infekciami kože a mäkkých tkanív boli s pravdepodobnosťou pozitívneho kultivačného výsledku asociované najmä typ vzorky a klinický kontext výkonu, reprezentovaný primárnou operačnou revíziou. Po obmedzení analýzy na najčastejšie a navzájom porovnateľné modality sa zároveň ukázalo, že antibiotická liečba pred odberom bola spojená s nižšou pravdepodobnosťou kultivačného záchytu. Samotná doba ani režim skladovania sa ako nezávislé faktory nepotvrdili.

Kľúčové slová: infekcie kože a mäkkých tkanív, kultivačné vyšetrenie, výter, tkanivo, predanalytické podmienky

Impact of specimen type and pre-analytical conditions on culture results in skin and soft tissue infections (SSTIs)

Objective: The aim of the study was to evaluate the impact of sample type and pre-analytical processing conditions on culture examination results in patients with skin and soft tissue infections.

Material and methods: This was a prospective comparative observational study conducted between January 2022 and March 2024. The present work represents a subanalysis of a broader prospective study focused on patients with skin and soft tissue infections. The cohort consisted of 90 surgical procedures in 66 patients, with the sampling series defined as the basic analytical unit. In total, 90 sampling series and 597 samples processed using different sampling and pre-analytical handling modalities were analysed. Agreement between modalities was assessed using Gwet’s AC1 coefficient and the Brennan-Prediger coefficient. Factors influencing the probability of a positive culture result were analysed using a generalized linear mixed model (GLMM).

Results: A positive culture result was found in 58.1 % (347/597) of all examined samples. Descriptive analysis showed no statistically significant differences among the 11 compared modalities (Pearson’s χ² = 14.890; p = 0.136). The mean number of microorganisms per sample, used as a descriptive yield index, was 0.66 ± 0.63, and no significant differences between modalities were confirmed even in the exploratory comparison using the Kruskal-Wallis test (H = 15.011; p = 0.132). A total of 396 microbial isolates were recovered from 347 positive samples, with the seven most frequent pathogen groups accounting for 82.1 % of all isolates. Gwet’s AC1 reached 0.600 for binary positive/negative assessment and 0.687 for microbial profile assessment. In the analysis of the whole cohort, primary operative revision (OR 6.19; p = 0.003) and sample type as a whole (p < 0.001) were significant predictors of a positive culture result, with swabs showing a higher probability of positivity than tissue samples (OR 2.74; p < 0.001). Duration of storage, storage conditions, and processing system were not confirmed as independent predictors, while the effect of antibiotic treatment before sampling remained borderline (OR 0.22; p = 0.054). After restricting the analysis to the most frequent and mutually comparable modalities, the effect of primary operative revision (OR 5.21; p = 0.007), antibiotic treatment before sampling (OR 0.17; p = 0.030), and sample type (swab vs. tissue: OR 2.88; p < 0.001) remained significant, whereas storage duration and storage conditions did not.

Conclusion: In this cohort of patients with skin and soft tissue infections, the probability of a positive culture result was associated mainly with sample type and the clinical context of the procedure, represented by primary operative revision. After restricting the analysis to the most frequent and mutually comparable modalities, antibiotic treatment before sampling was also associated with a lower probability of culture yield. In contrast, neither storage duration nor storage conditions were confirmed as independent predictors.

Keywords: skin and soft tissue infections, culture examination, swab, tissue sample, pre-analytical conditions